Bagian Organisasi Sekretariat Daerah Kota Malang dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Malang Nomor 59 Tahun 2019 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas Dan Fungsi Serta Tata Kerja Sekretariat Daerah.
Bagian Organisasi Sekretariat Daerah Kota Malang, mempunyai Struktur Organisasi sebagai berikut :
