Bagian Organisasi Sekretariat Daerah Kota Malang dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Malang Nomor 5 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah, Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah dan Staf Ahli.
Bagian Organisasi Sekretariat Daerah Kota Malang, mempunyai Struktur Organisasi sebagai berikut :
